Sezon 2, Odcinek 1: The Titan on the Track
Data Premiery – 30 August 2006

W wypadku pociągowym giną trzy osoby, jedną z nich jest senator USA.

Sezon 2, Odcinek 2: Mother and Child in the Bay
Data Premiery – 20 Wrzesień 2006

Booh szuka męża zaginionej kobiety w ciązy, jednak podejrzany też znika.

Sezon 2, Odcinek 3: The Boy in the Shroud
Data Premiery – 13 Wrzesień 2006

Zostaje znaleziony szkielet 17 letniego chłopca.

Sezon 2, Odcinek 4: The Blonde in the Game
Data Premiery – 20 Listopad 2006

Gdy z więzienia wychodzi seryjny morderca, proponuje zabójczą grę Bones i Boothowi.

Sezon 2, Odcinek 5: The Truth in the Lye
Data Premiery – 27 Wrzesień 2006

W wannie wypełnionej ługiem, zostaje znalezione ciało. Booth wraca do przeszłości.

Sezon 2, Odcinek 6: The Girl in Suite 2103
Data Premiery – 4 Październik 2006

Wybuch w hotelu powoduje, iż zespół sprawdza powiązania z kartelem narkotykowym.

Sezon 2, Odcinek 7: The Girl with the Curl
Data Premiery – 1 Listopad 2006

Kiedy ciało dziewczyny zostaje zidentyfikowane, sprawa koncentruje się na jej rodzicach.

Sezon 2, Odcinek 8: The Woman in the Sand
Data Premiery – 8 Listopad 2006

Odróż o Vegas w celu zdentyfikowania ciała komplikuje się, kiedy następne ciało zostaje znalezione nieopodal.

Sezon 2, Odcinek 9: Aliens in a Spaceship
Data Premiery – 15 Listopad 2006

Kiedy Hodgins i Brennan palą się żywcem, następuje wyścig z czasem, oraz porywaczem który nie negocjuje.

Sezon 2, Odcinek 10: The Headless Witch in the Woods
Data Premiery – 29 Listopad 2006

Bezgłowy szkielet młodego człowieka zostaje znaleziony w lesie stanowym.

Sezon 2, Odcinek 11: Judas on a Pole
Data Premiery – 13 Grudzień 2006

Były agent FBI płonie żywcem na dachu hotelu, z wiadomością w gardle, która prowadzi do sprawy z lat 70-tych, kiedy to do więzienia trafił niewinny człowiek.

Sezon 2, Odcinek 12: The Man in the Cell
Data Premiery – 31 Styczeń 2007

Po tym jak Howard Epps ucieka z zakładu psychiatrycznego, nastaje na życie każdego z zespołu Jeffersona, rzucając Brennan wskazówki jak ich uratować.

Sezon 2, Odcinek 13: The Girl in the Gator
Data Premiery – 7 Luty 2007

Ramię dziewczyny zostaje znalezione w brzuchu aligatora.

Sezon 2, Odcinek 14: The Man in the Mansion
Data Premiery – 14 Luty 2007

Zła ocena w Hodginsa w śledztwie, może pozwolić wymknąć się mordercy. Booth kontynuuje swoją terapię.

Sezon 2, Odcinek 15: Bodies in the Book
Data Premiery – 14 Marzec 2007

Przed publikacją swojej najnowszej książki, ciała zaczynają się pojawiać w identycznym schemacie jak to jest opisane w jej tajemniczej noweli.

Sezon 2, Odcinek 16: The Boneless Bride in the River
Data Premiery – 21 Marzec 2007

Bones zostaje wezwana z wakacji, kilkukrotnie, po tym jak zostaje znalezione ciało bez kości.

Sezon 2, Odcinek 17: The Priest in the Churchyard
Data Premiery – 28 Marzec 2007

Kiedy Booth z Brennan koncentrują się na sprawie kościoła katolickiego, Booth przekonuje ją aby spotkała się z dr. Wyatt.

Sezon 2, Odcinek 18: The Killer in the Concrete
Data Premiery – 4 Kwiecień 2007

Śledztwo Bootha przysparza mu wiele kłopotów, podczas gdy Brennan otrzymuje pomoc z niespodzewanego źródła.

Sezon 2, Odcinek 19: Spaceman in a Crater
Data Premiery – 2 Maj 2007

Bones wraz z zespołem muszą dojść do tego, jak człowiek został zamordowany, skoro jego obrażenia nie pasują do teorii zbrodni.

Sezon 2, Odcinek 20: The Glowing Bones in ‘The Old Stone House’
Data Premiery – 9 Maj 2007

Bones zostaje poproszona aby zbadać szczątki, z uwagi na ich prawdopodobną radioaktywność.

Sezon 2, Odcinek 21: Stargazer in a Puddle
Data Premiery – 16 Maj 2007

Podczas gdy ślub się zbliża, zespół bada sprawę życia i śmierci młodej dziewczyny.