Sezon 3, Odcinek 1: The Widow’s Son in the Windshield
Data Premiery – 25 Wrzesień 2007

Bones szuka zastępstwa dla Zacka. Czaszka toczy się po autostradzie i udzerza w auto. Są dowody iż ofiara została zjedzona przez kanibala.

Sezon 3, Odcinek 2: Soccer Mom in the Mini-Van
Data Premiery – 2 Październik 2007

Podczas wybuchu auta ginie kobieta, co się później okazuje, była podejrzaną o morderstwo od 30 lat.

Sezon 3, Odcinek 3: Death in the Saddle
Data Premiery – 9 Październik 2007

Prowadząc nową sprawę, Booth i Bones trafiają do świata fetyszyzmu.

Sezon 3, Odcinek 4: The Secret in the Soil
Data Premiery – 23 Październik 2007

Zwłoki prowadzą do wiejskiego magnata.

Sezon 3, Odcinek 5: Mummy in the Maze
Data Premiery – 30 Październik 2007

Odkrycie dwóch zmumifikowanych ciał prowadzi Bootha i Bones do sprawdzenia tajemniczych miejsc.

Sezon 3, Odcinek 6: Intern in the Incinerator
Data Premiery – 6 Listopad 2007

Jeden z pracowników Jeffersona zostaje zamordowany, a większość wierzy iż jest to robota seryjnego mordercy.

Sezon 3, Odcinek 7: Boy in the Time Capsule
Data Premiery – 13 Listopad 2007

Ciało 20-letniego chłopca zostaje znalezione kiedy zostaje otwarta kapsuła czasu. Podejrzenia padają na kolegów ze szkoły.

Sezon 3, Odcinek 8: The Knight on the Grid
Data Premiery – 20 Listopad 2007

Seryjny morderca znowu atakuje.

Sezon 3, Odcinek 9: The Santa in the Slush
Data Premiery – 27 Listopad 2007

Brennan i Booth prowadzą sprawę śmierci świętego Mikołaja.

Sezon 3, Odcinek 10: The Man in the Mud
Data Premiery – 14 Kwiecień 2008

Brennan i Booth prowadzą sprawę śmierci motocyklisty, a kiedy następuje podobny wypadek do tego, uwaga zwraca się w stronę właścicieli oraz reportera.

Sezon 3, Odcinek 11: Player Under Pressure
Data Premiery – 21 Kwiecień 2008

Ciało słynnego gimnastyka zostaje znalezione na Uniwersytecie Atlantic State.

Sezon 3, Odcinek 12: The Baby in the Bough
Data Premiery – 28 Kwiecień 2008

Dziecko przeżywające w cudowny sposób wypadek samochodowy w którym ginie jego matka, pozostaje pod opieką Boota i Bones, podczas śledztwa.

Sezon 3, Odcinek 13: The Verdict in the Story
Data Premiery – 5 Maj 2008

Booth wymaga pomocy terapeuty Lance’a Sweetsa w sprawie swojej partnerki Brennan.

Sezon 3, Odcinek 14: The Wannabe in the Weeds
Data Premiery – 12 Maj 2008

Brennan i Booth prowadzą śledztwo w sprawie morderstwa ambitnej piosenkarki, Booth atakuje fana.

Sezon 3, Odcinek 15: The Pain in the Heart
Data Premiery – 19 Maj 2008

Seryjny morderca Gormogon zostaje złapany, a jego tożsamość ujawniona.