Sezon 4, Odcinek 1: Yanks in the U.K.
Data Premiery – 3 Wrzesień 2008

Bones daje wykład na Uniwersytecie w Anglii. Booth z Bones proawdzą sprawę morderstwa córki amerykańskiego biznesmena.

Sezon 4, Odcinek 2: The Man in the Outhouse
Data Premiery – 10 Wrzesień 2008

Zostaje odnalezione ciało prowadzącego popularny program telewizyjny.

Sezon 4, Odcinek 3: The Finger in the Nest
Data Premiery – 17 Wrzesień 2008

Ciało weterynarza zostaje odnalezione, Hodgins zdaje sobie sprawę jaki chaos panował w jego życiu.

Sezon 4, Odcinek 4: The Perfect Pieces in the Purple Pond
Data Premiery – 24 Wrzesień 2008

Para nastolatków odnajduje bezgłowe ciało, zespół szuka głowy oraz mordercy.

Sezon 4, Odcinek 5: The Crank in the Shaft
Data Premiery – 1 Październik 2008

Część nogi spada do windy. Ponure odkrycie prowadzi do znalezienia zwłok które znajdowały się tam od kilku dni. Ofiarą okazał się manager, nie lubiany przez wszystkich.

Sezon 4, Odcinek 6: The He in the She
Data Premiery – 8 Październik 2008

Półowa ciała została znaleziona na plaży. Okazało się iż był to lider lokalnego zgromadzenia religijnego. Kiedy zostaje odnaleziona druga połowa ciała, okazuje się iż miał on ukrytą przeszłość.

Sezon 4, Odcinek 7: The Skull in the Sculpture
Data Premiery – 5 Listopad 2008

W rozbitym samochodzie zostaje znaleziona czaszka. Śledztwo prowadzi do artysty, który używał zmiażdzonych czaszek w swojej pracy.

Sezon 4, Odcinek 8: The Con Man in the Meth Lab
Data Premiery – 12 Listopad 2008

Booth pracuje nad wielkim śledztwem, które może przyśpieszyć jego karierę, ale nie może się skoncentrować kiedy pojawia się jego brat.

Sezon 4, Odcinek 9: The Passenger in the Oven
Data Premiery – 19 Listopad 2008

Bones i Booth lecą do Chin, aby Brennan mogła zidentyfikować pewne szczątki.

Sezon 4, Odcinek 10: The Bone That Blew
Data Premiery – 26 Listopad 2008

Szczątki szkieletu zostają odnalezione w strefie ochronnej. Cam zatrudnia ojca Brennan jako nauczyciela, co powoduje konflikty z Bones.

Sezon 4, Odcinek 11: Double Trouble in the Panhandle
Data Premiery – 22 Styczeń 2009

Szczątki bliźniaków syjamskich zostają odnalezione. Kiedy wychodzi na jaw iż pracowali oni w cyrku, Bones i Booth zaczynają pracować pod przykryciem.

Sezon 4, Odcinek 12: Fire in the Ice
Data Premiery – 22 Styczeń 2009

Ciało ofiary zostaje odnalezione w zamarźniętym jeziorze. Booth identyfikuje ciało jako przeciwnika z tafli lodowej, stając się jednocześnie podejrzanym w sprawie.

Sezon 4, Odcinek 13: The Hero in the Hold
Data Premiery – 5 Luty 2009

Grabarz podejrzewa iż ktoś ukradł dowód rzeczowy, podejrzewając Bootha.

Sezon 4, Odcinek 14: The Princess and the Pear
Data Premiery – 19 Luty 2009

Booth ma problemy ze zdrowiem, a Bones pracuje z agentem Perotta nad sprawą morderstwa kobiety.

Sezon 4, Odcinek 15: The Bones That Foam
Data Premiery – 12 Marzec 2009

Szczątki zostają odkryte przez nowożeńców. Bones stara się poprawić swoje relacje z ludźmi.

Sezon 4, Odcinek 16: The Salt in the Wounds
Data Premiery – 19 Marzec 2009

Zostają odnalezione szczątki siatkarki. W śledztwie wychodzi iż była ona w ciąży, jak kilka innych jej koleżanek.

Sezon 4, Odcinek 17: The Doctor in the Den
Data Premiery – 2 Kwiecień 2009

Morderstwo profesora staje się sprawą personalną dla Cam.

Sezon 4, Odcinek 18: The Science in the Physicist
Data Premiery – 9 Kwiecień 2009

Zamarźnięte szczątki naukowca prowadzą zespół do renomowanego instytutu. Ojciec Angeli wraca do miasta.

Sezon 4, Odcinek 19: The Cinderella in the Cardboard
Data Premiery – 15 Kwiecień 2009

Zmiażdżone szczątki kobiety zostają znalezione w fabryce recyklingu.

Sezon 4, Odcinek 20: Majhem on a Cross
Data Premiery – 16 Kwiecień 2009

Szczątki szkieletu używane przez norweski zespół black-metalowy, prowadzą zespół do zbadania podziemia sceny black-metalowej.

Sezon 4, Odcinek 21: The Double Death of the Dearly Departed
Data Premiery – 20 Kwiecień 2009

Bones ma wątpliwości co do powodu zgonu kolegi z pracy. Jednak sędzia nie zezwala jej na potwierdzenie wątpliwości. Teraz muszą działać w ukryciu, badając jego śmierć.

Sezon 4, Odcinek 22: The Girl in the Mask
Data Premiery – 23 Kwiecień 2009

Bones prosi Bootha o radę dla swojej asystentyki. Booth otrzymuje telefon do przyjaciela, który prosi go o sprawdzenie jego siostry.Niestety zostaje ona odnaleziona, ale martwa…

Sezon 4, Odcinek 23: The Beaver in the Otter
Data Premiery – 30 Kwiecień 2009

Szczątki studenta zostają odnalezione w kostiumie maskotki z przeciwnego koledżu.

Sezon 4, Odcinek 24: The Critic in the Cabernet
Data Premiery – 7 Maj 2009

Szczątki zostają odnalezione w beczce wina. Bones zdaje sobie sprawę iż chce mieć dziecko, prosząc Bootha o pomoc.

Sezon 4, Odcinek 25: The End in the Beginning
Data Premiery – 14 Maj 2009

Historia morderstwa w klubie nocnym, z wieloma podejrzanymi, i znajomymi twarzami w różnych perspektywach.Kiedy historia zostaje rozwikłana, kryzys zdrowotny Bootha powoduje spodziewany efekt.